Madrasah Aliyah Negeri Bangkalan berdiri pada tahun 1978, hasil alih fungsi dari PGA 6 tahun. Alih fungsi tersebut berdasarkan SK Menteri Agama RI (Prof. DR. H. Mukti Ali) nomor 17/1978, tanggal 16 Maret 1978. Sejak SK tersebut dikeluarkan, siswa kelas 4,5, dan 6 PGA pada waktu itu secara otomatis menjadi siswa kelas 1,2, dan 3 MAN. Kemudian sejak tahun 1998, MAN Bangkalan--bersama-sama dengan 35 MAN lainnya yang tersebar di 26 propinsi--ditunjuk sebagai madrasah percontohan (MAN Model) melalui program Development Madrasah Aliyahs Project (DMAP) Departemen Agama, berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama nomor E.IV/PP.00.6/KEP/17.A/98, tanggal 20 Pebruari 1998.
Sejak berdiri sampai sekarang, MAN Bangkalan telah mengalami 5 kali pergantian kepemimpinan, yaitu :
1.Drs. Sarijoen (1980-1990)
2.Drs. Farchan AR. (1990-1993)
3.Drs. H. Hambali (1993-2003)
4.Drs. H. Nasito Arief, M.Ag (2003 – 2010)
5.Drs. Akhmad Sururi, M.Pd ( 2010- 2012)
6.Drs. H. Fathorrakhman, M.Pd (2012 s.d 2016)
6.Drs. H. Moh. Ali Wafa, M.Pd.I (2016 s.d sekarang)